Bioinformatika
Bioinformatika adalah
penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi
biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika,
dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan
menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan
dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola
informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi
struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika dibagi
menjadi beberapa cabang, berikut ini adalah cabang tersebut :
- Biophysics
Biophysics adalah sebuah
bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk
memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society). Disiplin
ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-teknik dari
ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan penggunaan TI.
- Computational Biology
Computational biology
merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling
dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology
adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam
molekul dan sel(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
- Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria
[ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics adalah “sebuah disiplin ilmu
yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi
dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan
manajemen informasi medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur
dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan dengan
data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit” (Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
- Cheminformatics
Cheminformatics adalah
kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining
yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech
Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI
untuk merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan merupakan
suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli biokimia(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999
- Genomics
Genomics adalah bidang
ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling
kasar. Genomics adalah setiap usaha untukmenganalisa atau membandingkan seluruh
komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin
untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu
himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan
D.J. Parry-Smith. 1999)
- Mathematical Biology
Mathematical biology juga
menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani
masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan
dalam software maupun hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
- Proteomics
Istilah proteomics
pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang
tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn [DUNN2004], mendefiniskan kata
“proteome” sebagai: “The PROTEin complement of the genOME“. Dan mendefinisikan
proteomicsberkaitan dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen
di level dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
- Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah
aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari
target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima
yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau dengan menyelidiki
bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama
terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola
ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan
diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
- Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah
bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik/Bioinformatika
untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik, contohnya SNP (Single
Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil respons pasien tertentu
dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk memberitahu administrasi dan
pengembangan terapi pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Adalah
beberapa aplikasi bioinformatika yang mudah kita gunakan dan dapatkan pada
google play, berikut ini adalah contoh aplikasi bioinformatika :
- BAK4BIO
Aplikasi BAK4BIO
(Brazilian Army Knife for Bioinformatics), merupakan suatu front end yang
didesain untuk mengakses database bioinformatika.
- DNA Alignment
Aplikasi DNA Alignment,
yang berguna untuk melakukan pairwise sequence alignment, alias pensejajaran
urutan DNA.
- DPSAT
Aplikasi DPSAT adalah
aplikasi unik, karena memiliki berbagai fitur. Misalnya, fitur ‘translate’,
yang berguna untuk memberikan produk protein dari data nukleotida yang
diberikan; fitur ‘nucleotide sequence properties’, yang berguna untuk
menginformasikan konten GC dan AT, dan juga panjang urutan basa; juga fitur
‘Protein Biophysical Properties’, yang bermanfaat untuk mengkalkulasi properti
urutan protein dengan metode ProtParam.
- MENTHA
Aplikasi yang menarik
juga adalah MENTHA, yang dapat digunakan untuk mengkaji interaksi
protein-protein pada beberapa organisme. Kemudian, aplikasi SimAlign dan
SimGene juga dapat digunakan untuk melakukan pensejajaran sekuens dan browsing
gen.
Sumber :
